1、基本原理不一样

抗菌肽一般通过细胞膜直接的作用导致膜的物理性受损，还有很多机制。抗菌肽可能出现多靶点。传统的抗生素绝大部分是由控制细菌细胞壁或DNA的合成而起到作用，作用靶点大多是单一化个体或是群体（如青霉素结合蛋白、拓扑异构酶等）。

抗菌肽能够独立的发挥自己的抑菌作用,也能够和其他因子联合作用,体现出较高的活性。抗菌肽之间，抗菌肽与以往抗生素有着协同效应,也和乳铁蛋白、溶菌酶等产生作用以增强活性。

2、发生耐药性的效率不同

抗菌肽的功效不存在对应的靶位，纯粹是阴阳离子的物理效应，它能够快速消灭微生物。因为细菌表层的结构与带电特性无法改变，所以难以造成抗药性，不过由于蛋白酶的水解作用，其药物半衰期较传统抗生素要短很多。传统式抗生素作用牵涉到细菌细胞膜上及胞内特异的靶位结合，且靶位类别非常有限，细菌易于经过变异而形成耐药性。

3、作用效率不同

抗菌肽的一大特点就在于它作用快速，作用在细菌的细胞膜,根据转变细菌的膜结构杀灭细菌。对原核生物细胞有非常高的杀菌活性。传统式抗生素根据作用在增殖的细菌内的一些位置起抑菌作用为主导,因此作用时长还要几天。

4、合成速度不同

抗生素是通过各种酶合成的产物，而抗菌肽即是某一个基因编码的产物，且合成快速，比IgM快100多倍。

5、生物活性谱不同

抗生素重点是抗菌功能，而抗菌肽有着许多种生物活性。