化学法是目前最为成熟和广泛使用的多肽修饰方法,主要包括液相法和固相法。

1）液相法

液相法是一种经典的方法，在纯度监测和大规模生产方面具有独特的优势。在对多肽进行环化修饰时，需要在高度稀释的溶液(10-3~10-4 mol/L)中进行反应，以避免分子间反应生成线状或环状的二聚体和多聚体。然而，在这种高度稀释的条件下，往往存在诸如反应时间较长、副作用较多等限制，给后处理增加了不便。针对这种情况，采用空间位阻较大的树枝状硅烷取代碳二亚胺作为缩合剂，取代传统试剂二环己基碳二亚胺(DCC)溶液方式的内酰胺环肽合成，从而获得纯度较高的目标化合物。

2）固相法

固相法因其易于分离和纯化而被广泛应用于肽的修饰。在固相肽合成中，先将c端氨基酸残基与载体连接，再组装剩下的氨基酸，这是合成c端修饰肽的先天障碍。以较为常见的2-氯三苯甲基氯树脂为载体，固相合成了全保护肽Pyr-Hi s-Trp-Ser-Tyr-D-Leu-eu-A rg- pro - net。25 ℃下乙胺化反应5 min 后直接切割侧链，实现了肽片段乙胺化和侧链切割步骤的连续耦合进行,避免中间产物的分离和纯化,并成功地为其他c端多肽的修饰提供参考。

3）酶法

酶在修饰位点的立体选择性和温和、快速、高效的合成反应条件方面具有很大的优势。在糖肽合成中，糖基化氨基酸通过酶促缩合反应与寡肽相接，再通过糖基转移酶完成进一步的寡糖修饰。这种酶促反应可以在极少的保护下在水溶液中进行。但该酶具有来源单一、不易获得等局限性。此外,肽链中氨基酸的序列的基质可能影响其修改效率。以酶法将半乳糖胺连接到肽段上合成糖肽时，发现反应的收率取决于底物的结构和糖基化，一般较低。随着DNA技术和研究的发展，酶将在多肽修饰中发挥越来越重要的作用。

4）化学酶法耦合

将化学和酶法相结合对肽进行修饰，可以减少化学试剂的过度使用造成的污染，并在温和的条件下保证酶催化的产率。固相合成N端共轭糖基内吗啡肽-1衍生物，在糖基转移酶的催化下，将N-乙酰基胺基葡糖化合物连接到化学法合成的糖肽上，形成目标产物N端三糖肽内吗啡肽-1 类似物。这种合成过程只需要极少的保护。以修饰的硅胶为固相载体，此载体上用化学法快速合成肽键并酶法合成糖苷键，成功合成Sialyl lew is x 抗原。