在多肽合成中，合适的保护基的选取通常会分成下面两步：

①断定用片段缩合的方法或是依次接长的方法来接长肽链。

若采用片段缩合的方法，除了用与侧链羧基同样的保护基保护C末端肽段的末端羧基或不保护之外，其余作为羧基组分片段的末端羧基，应依据之后在片段缩合时用到的活化方式的区别来合理地选择保护基。

②明确使用的保护方式是最大还是中等或最小的保护方式。

这两者对保护基需求的可选择性范围是不一样的，前一个的需求麻烦一点，后者则较为简单。要从全部反应过程的需求考虑，综合分析各类保护成的稳定性和选择性来设计和选取保护基。最常用的方法是通过酸解反应脱除保护基，能够根据酸解的速度差异来选择保护基。对某--脱除试剂而言半永久性保护基是稳定的，而短暂性保护基是不稳定的，能够脱去的。比如稀三氟醋酸可以脱去氨基保护基N-Bpoc和N-Ddz，但此时N-Boc是稳定的。0H-能脱去羧基的保护基OMe和OEt，但无法脱去N-Boc。

源肽生物对于使用保护基早已积累了不少的宝贵经验，然而要在多肽合成的工作上，特别是关于大肽的合成而言，选取到合适的保护基来保护活性基团有些时候仍然较为困难。