伴随多肽科学的发展，专家也对合成仪制定了更高的需求，因此推动了多肽合成仪的开发。现阶段多肽合成仪种类繁多，从作用上分，可划分成研究型的，小试型的，中试型的，普通生产型的和GMP生产型的；从合成量上来讲，划分成微克级的，毫克级的，克级的和公斤级的；从技术方面而言，划分成第一代的，第二代的，和第三代的。

第一代多肽合成仪：

象征性特点是选用氮气鼓泡的混合原理来对反应物进行混合，即多肽合成仪上反应器是固定不动的，氮气从反应器的下面经过反应器到上方排出，在这个过程中形成的小气泡把固相和液相混合起来。

这种设计多肽合成仪的优势是结构简单，成本费用低，但各种功能方面拥有显著的瑕疵，现如今选用氮气鼓泡方法的第一代多肽合成仪已绝大多数退出了市场。

第二代多肽合成仪：

包括接触式搅拌与非接触式搅拌两种，有应用不完全性的机械搅拌来替代氮气鼓泡的优点。

接触式搅拌常见的搅拌方法是伸进反应器里面的螺旋桨由上方的电机牵动进行飞速转动，使反应器里面的固液两相进行混合。但搅拌方法存在的问题如清洁障碍，合成量低，反应盲区等也不可忽视，现在全世界绝大部分多肽合成仪生产厂商放弃了接触式搅拌方法。

第三代多肽合成仪：

其反应器旋转形式与前两代的多肽合成仪有区别，即反应器上端相对固定，而下方作圆周360度迅速旋转，牵动反应器里的固液两相从底端向上作螺旋运动，直到到达反应器的最上方，真真正正的做到了无死角。

无死角多肽合成仪的另外一种方式是反应器在数控马达的带动下作上下180度的翻转运动。固相和液相在运动时持续从反应器的一边到达另一边再返回来。一般用这样的仪器合成出的肽纯度是比较高的，且适合于扩大生产。