N-末端测定

1、二硝基氟苯法(FDNB, DNFB)：Sanger在1945年提出了这种方法，这是他的重要贡献之一。用有机溶剂提取DNP-氨基酸后，可通过层析位置进行鉴别。Sanger用这种方法测定了胰岛素的N末端分别为甘氨酸和苯丙氨酸。

2、氰酸盐法：1963年，Smyth和Stank提出了一种测定N末端的新方法。步骤如下:由于乙内酰脲氨基酸不带电荷，可以通过离子交换层析法将其与游离氨基酸分离，分离得到的乙内酰脲氨基酸可被盐酸水解生成游离氨基酸，通过识别这个氨基酸，我们可以知道N-末端是什么类型的氨基酸。

3、二甲基氨基萘磺酰氯法：1956年，Hartley等人报道了一种测定N-端的灵敏方法，使用1-二甲基氨基萘-5-磺酰氯，简称丹磺酰氯。它与游离氨基末端相互作用，方法与Sanger的DNFB方法相似，产物为磺酰胺衍生物。丹磺酰链酸具有强烈的黄色荧光。该方法灵敏度高(比FDNB法高100倍，样品体积小于1毫微克分子)，丹磺酰氨基酸稳定性高(高于DNP氨基酸水解稳定性)，可通过纸电泳或聚酰胺膜层析进行鉴别。

C-末端分析

1、肼解法：这是测定C-末端最常用的方法。多肽溶于无水肼中，在100℃下反应。结果，羧基末端的氨基酸以游离氨基酸的形式被释放出来，而肽链的其余部分和肼形成了氨基酸肼。这样就可以通过抽提或离子交换层析分离羧基末端氨基酸进行分析。如果羧基末端氨基酸侧链含有天冬酰胺、谷氨酰胺等酰胺，则在肼解过程中不能产生游离羧基末端氨基酸。此外，在肼解过程中应注意避免任何少量的水解，以免将释放的氨基酸与最终分析混淆。

2、羧肽酶水解：羧肽酶能专一性水解羧基末端氨基酸。根据酶解的专一性可分为羧肽酶A、B、C三种，在用羧肽酶确定末端时，需要提前进行酶动力学实验，以选择合适的酶浓度和反应时间，使释放的氨基酸主要为C末端氨基酸。